Geleitet wird das Transplantationszentrum von einem Direktorium. Es setzt sich aus Leitenden und Vertretenden der in die Transplantation involvierten Fachdisziplinen zusammen. Weiter gibt es ein Kuratorium, das die Aktivitäten des Zentrums strategisch festlegt und supervisiert.
Im Frühjahr 2008 wurde auf Anregung des Spitalrates ein externer Beirat aus zahlreichen Ärztinnen und Ärzten der zuweisenden Kliniken gebildet. Dieser Beirat steht dem Transplantationszentrum beratend zur Seite, um die Zusammenarbeit mit den zuweisenden Kliniken fortlaufend zu optimieren.
Der Beirat des Transplantationszentrums trifft sich zwei Mal pro Jahr jeweils im Anschluss an das halbtägige Frühjahrssymposium, bei dem die Spenderbetreuung im Vordergrund steht, und im Anschluss an das Herbstsymposium, bei dem der Fokus auf der Empfängerseite liegt.
Die Mitglieder des Beirats sind: