Die labordiagnostische Differenzierung der Zellen des Immunsystems ist ein wichtiger Bestandteil der Diagnosestellung und Therapierung von Patientinnen und Patienten mit Erkrankungen ausgehend vom Immunsystem. Auch Erkrankungen und Therapie-Massnahmen, welche das Immunsystem beeinflussen, können so näher untersucht werden.
Um die verschiedenen Zellen des Immunsystems unterscheiden und charakterisieren zu können nutzt man sogenannte Zellmarker, meist oberflächliche Strukturbestandteile der Zelle, die mit entsprechenden Antikörpern spezifisch nachzuweisen sind. Die Antikörper sind dabei an einen Fluoreszenzfarbstoff gekoppelt, welcher mit einem Durchflusszytometer detektiert werden kann. Auf diese Weise lassen sich die genauen Konzentrationen und Zellzahlen der verschiedenen Immunzellen bestimmen.